Delovanje ZRS Koper je izrazito interdisciplinarno (preplet humanističnih, družboslovnih in naravoslovnih ved), poseben poudarek pa je na preučevanju tematik Sredozemlja in zgornjejadranskega območja.

Kot osrednje dejavnosti ZRS Koper lahko navedemo:

• temeljno in aplikativno raziskovanje,
• izdelava ekspertiz in svetovanje,
• izobraževanje,
• organiziranje znanstvenih in strokovnih sestankov,
• publiciranje in založniška dejavnost,
• dokumentacijska in knjižnična dejavnost.

ZRS Koper se aktivno vključuje v mednarodno znanstveno sodelovanje in se povezuje s sorodnimi organizacijami po svetu.

Raziskovalke in raziskovalci se poleg raziskovalnega dela vključujejo tudi v izobraževalni proces na vseh treh slovenskih univerzah ter s tem zagotavljajo prenos svojih spoznanj v izobraževalno sfero.

Znanstveno-raziskovalno središče Republike Slovenije Koper (ZRS Koper) je bilo ustanovljeno 1. decembra 1994. Ustanovitelj je bila vlada RS, soustanoviteljici pa Skupnost obalnih občin (kot pravne naslednice zdaj vse obalne občine: Mestna občina Koper, Občina Izola, Občina Piran in Občina Ankaran) in Slovenska akademija znanosti in umetnosti.

Med leti 2003 in 2015 je ZRS deloval v okviru Univerze na Primorskem. Bil je temeljno raziskovalno jedro novonastale univerze. Raziskovalci in raziskovalne podlage projektov ZRS so predstavljali inkubator za številne dodiplomske in podiplomske študijske programe na univerzi.

S ciljem odgovornega oblikovanja svoje prihodnosti so raziskovalci ZRS Koper stremeli po novi organiziranosti. S sklepom Vlade Republike Slovenije je bil tako dne 26. 11. 2016 ustanovljen javni raziskovalni zavod Znanstveno-raziskovalno središče Koper.